Действия игры разворачиваются сразу после событий сюжета 1-го сезона. Диана заключившая сделку с Провиденс, а именно с Артуром Эдвардсом для раскрытия прошлого 47-го, отправляет агента на задание по поиску информации на Теневого клиента в убежище его соратницы Альмы Рейнард, на берегу океана в Новой Зеландии. Информация, хранившаяся на компьютере Альмы, выводит Агентство на Роберта и Сьерру Нокс, двух соратников Теневого клиента, членов тайной организации Провиденс, предавших её. Чтобы боевики не усилили свой натиск на представителей мировой элиты с помощью технологий предателей, в МКА поступает заказ на отца и дочь Ноксов от Эдвардса. Агент 47 справляется с заданием в Майами (США).
