События Final Fantasy XVI разворачиваются в области вымышленного мира под названием Валистия, состоящей из двух континентов — Сторма и Эша. На их территориях расположены шесть независимых государств, главными экономическими и военными ресурсами которых являются магические кристаллы и Доминанты — люди, выступающие сосудами для могущественных существ Айконов. Напряжённость между народами обостряется с распространением волшебной чумы, известной как «Мор». Щит наследного герцога Розарии Джошуа, а по совместительству и его старший брат Клайв Розфилд переживает разрушение его родного дома, после чего попадает в эпицентр противостояния между мировыми державами Валистии, санкционированного таинственной силой извне.
