Сюжет игр основан на многовековой войне между тамплиерами и ассасинами. Главный герой — Дезмонд Майлс, потомок ассасинов, с помощью Анимуса — машины, которая считывает память предков из ДНК, — он переживает заново события далёкого прошлого. Его цель — узнать, где его предки спрятали «Частицы Эдема», и достать их раньше тамплиеров, а также предотвратить конец света.
